疾管署說明，指揮中心成立期間，對於各縣市首長提出建議，均相當重視，透過中央地方視訊會議、專家會議等方式討論研商，針對口罩時機，入境篩檢、確診條件等議題，指揮中心亦廣泛收集各界意見及專家學者建議，依國內外疫情狀況適時調整，絕無「政治掛帥、政黨考量」，疫情期間對於新北市所提建議，例如確診者改採居家照護、放寬接觸者居家隔離採檢條件等，中央亦及時調整方針並制訂相關指引，中央地方共同合作因應疫情。
疾管署指出，因應2022年4月國內COVID-19疫情急速上升，國內家用抗原快篩試劑需求遽增，市場快篩試劑缺貨且價格昂貴，世界各國亦然，故指揮中心緊急徵用快篩試劑，並推動家用抗原快篩試劑實名制，透過近5,000家健保特約藥局及偏鄉衛生所販售實名制家用抗原快篩試劑，期讓有篩檢需求之族群可以購得每日所需之家用抗原快篩試劑數量，並平抑市售家用抗原快篩試劑價格；當時販售為價格為100元，與各國相較並無偏高。另相關採購均以符合採購法規定為之。
疾管署強調，針對COVID-19疫情期間疫苗採購之諸多不實言論，均已多次澄清，採購過程依照政府採購法相關規定執行，絕無涉炒股或其他不法之事，更無阻擋任何疫苗購買。COVID-19疫情流行之初，全球疫苗的產能尚未擴充至足以供應各國需要，世界大國以投資方式超額採購，致使多數國家難以與歐美等國家競爭。為獲得安全有效的疫苗，我國採取多元外購與國內研發雙軌並行方式進行採購疫苗，並自2020年起即積極與莫德納、BNT等疫苗廠洽購各種COVID-19疫苗，同時積極輔導國產疫苗開發。提供民眾接種之疫苗亦均經衛生福利部食品藥物管理署緊急使用授權或核准，確保疫苗安全無虞。
疾管署重申，COVID-19疫情期間各項防疫政策推動，均秉持專業並以全民健康福祉為優先，同時參採地方政府、專家意見與國際經驗等適時調整，且依法行政，亦無不法及圖利等情事，如有違法事項絕對依法徹查、嚴正法辦，絕不寬貸。盼外界能本於事實評論，共同維護國人健康安全。
