關於媒體報導近期部分農田水利會會長、會務委員反對農田水利會改制，並提出改制係將水利會資產沒收，剝削會員選舉權，開民主倒車，應暫停審議農田水利法(草案)等意見。農委會表示，農田水利會改制係依據農田水利會組織通則第40條第3項規定，該會依法擬訂農田水利法(草案)以規範有關農田水利會之改制及其資產處理、職員工作權益保障等事項。該法案規定成立作業基金，下設17個分基金，分別承受17個農田水利會之資產，並排除國有財產法限制，他機關若有需使用基金土地，須辦理有償撥用，資產處分收益留存基金，不用繳庫，專款專用於農田水利事業，維持水利會資產使用性質，絕非沒收資產。
農委會進一步說明，臺灣灌溉事業於清朝時期，各地的埤圳屬私人施設、私人經營。於日本治臺時期，推行埤圳公共化政策，將有關公共利害的水利設施賦予法人資格，稱為「公共埤圳」；後來，有官方出資興建的「官設埤圳」，其後，更頒布水利組合令，將「公共埤圳」與「官設埤圳」合併為「水利組合」，將既有私權關係，轉為公法關係，水利組合已為政府機關的一部分。二次大戰後，因當時政府對於水利組合公共化之背景不熟悉，而導入在大陸地區之管理模式，將原水利組合均改稱為「農田水利協會」與「水利委員會」，但「水利委員會」的設立，在水利法中無確切之法源依據，遂於1955年改制為農田水利會，定位為公法人。農田水利會自日治時期之水利組合演進而來，公法人資產性質本屬公有財產之一環，改制後，財產專款專用於農田水利事業，並無侵占民產。
針對水利會改制係開民主倒車質疑乙節，農委會解釋，水利會為秉承政府推行農田水利事業為宗旨之公法人，會員監督水利會會務與經費支用狀況，並依繳費高低享受不同灌溉排水利益，與政府機關行政及立法分權而治的概念不同。現行農田水利會組織通則的體制是由會員繳交會費，並選出會長和會務委員對稱的權力與義務關係，惟我國60年代產業轉型後，農民收入成長率遠不及其他產業，原會員需繳交的農田水利會會費，於1994年起由政府全部補助後，在制度設計上，會員權利與義務已不對稱。再者水利會會長產生制度原由1970年代由水利代表間接選舉產生，因水利代表選舉造成派系傾軋，影響會務，1975至2002年會長產生方式遂改由政府遴選、遴派產生，至2002年演變由會員直選產生會長。該會分析，因現有農業經營型態明顯轉變，代耕業及小地主大專業農等制度盛行，導致近20年來，會員參與農田水利會會務之比率已逐漸滑落，如以原台灣省農田水利會直選會長投票率分析，2002年後直選會長投票率僅約25%，顯見會員參與會務之情況漸低。另根據農田水利會聯合會104年3月6日會員大會通過提案，「因農田水利會會長暨會務委員選舉事務由水利會辦理，對財源困窘之水利會財務負擔沈重，勞民傷財；綜觀歷次選舉投票率均偏低，尚難反映農民會員真正的民意。農村社會每歷經一次選舉，地方裂痕隨之加深，造成派系惡鬥，致使會務推動困難，建議會長、會務委員改以遴派制度。」故在地方政治高度介入水利會選舉、會員參與度低及我國農業經營型態已產生明顯轉變之前提下，農田水利會改制實屬必要。
農委會表示，農田水利法草案通過後，配合行政院組織改造，將成立農田水利署，農田水利署下設17個分署。該法規定原水利會人員將適用原人事管理規則，確保其職等、陞遷等工作權益。與農民密切接觸之工作站及水利小組等基層組織均將維持，繼續辦理農田水利業務，服務農民。另由農田水利署各分署組成農田水利事務諮議會，提供處理農民建議與用水協調等服務。在完善基層組織設計與農民參與下，灌溉服務可更切合農民實際用水需求，服務農民灌溉更為確實
農委會強調，目前37萬公頃未享有農田水利會的灌溉服務適宜糧食生產農地，於水利會改制後，農委會將視水源狀況，以適地適作原則，逐步將灌溉服務推展至灌區外農地，讓更多農民享受政府的灌溉服務;國人關心的食安議題，更可藉由農田水利法賦予裁罰水質污染案件之公權力，以確保灌溉水質，提升食安;另政府亦將持續投注經費於農田水利建設，建構專業化農田灌溉專責機關，以因應氣候變遷及社會結構及農業生產環境改變挑戰，開創農田水利嶄新一頁。