私校三大協會共同聲明指出，日前集會研商並檢視目前行政院版草案，咸認草案諸多條文內容，對於學生就學及教職員輔導安置等權益已然保障完備，然對私校整體前途影響甚鉅。三大協會並已將研議修正之版本提交立法院，爭取支持。三大私校協會呼籲如下：
一、私立學校為國家社會培育眾多優秀人才，要予以肯定
私立學校之設立係因政府於民國55年間面臨財政困難之窘境，同時又需開辦9年國教，故而鼓勵私人捐助興學，因此熱心教育之私校創辦人與捐助人不遺餘力挹注個人資金於民間之各級教育事業，以協助政府教育資源之不足。同時私立學校無論於教育或訓練各產業人才，對於培養我國各領域之人才均有顯著之貢獻，因此私校教育對於我國之經濟奇蹟與民主政治之發展均具有莫大之實質貢獻。
二、少子化趨勢下政府仍廣設大學政策失誤，政府要負起責任
於民國80年代，政府先後推出廣設大學及一縣一大學高教普及之政策時，卻嚴重忽略自民國70年起出生人口已持續大幅下降之事實，導致近年來高中職以上學校環境供需嚴重失衡，在經營上面臨少子化，因此政府開放過多公私立學校，實係造成目前與未來之數年內私立學校將難以維持經營困境之主要原因之一。
三、僅少數私校經營有所違失，要信任絕大多數私校經營之努力
面對處理私校退場問題，不能將少數董事會違法問題一概強加於正常經營，但面臨困難之私校，違法問題實係政府開放過多學校，未善盡管控學校數量之責。惟此次政府對於解決私校過多造成私校退場之立法中，卻以「私校財產為公共財」之謬誤立論為基礎，並以極少數私校董事會違法或不當之行為方式，將此些極少數董事會之違法行為用以要求多數致力辦學之私立學校承擔，顯非屬公平。
四、處理私校退場，政府要有更積極作為協助轉型
面對少子女化現象導致私校退場問題，政府實應有積極作為，宜參考少子化、學校過多，造成私校退場經驗豐富之日本政府對於私立學校振興之相關政策，朝積極發展特色科系或積極輔導私校改辦轉型之方向給予協助與輔導，而絕非消極使私校僅有退場而將其校產歸公一途。
五、私校固具公共化性質，但要確認私校財產非屬於公共財產
私校具公共化之性質固為事實，惟公共化於法律上並非指私校財產應屬於公共財產，此立論將與憲法及相關法律對於保障私法人財產權之規定明顯相悖，惟不諳法律之多數人卻被教師團體錯誤之立論所誤導。基本上私校財產之本質為私人所捐助財產，是為公益而存在之獨立私人財產。因此私法人之獨立財產自不屬公共所有。且私校財產之利用可創造公益亦屬公共化之一種。因此關於私校財產之處分與歸屬應以公益目的為基礎，並應尊重私校捐助章程與捐助人之意願。因此於立法上，更應兼顧學校、教職員工以及私立學校本身之相關權益，始符合憲法上關於平等權之規定。
六、私校退場立法，要堅守公平正義之普世價值
教育主管部門及諸多教師、教育團體，長期以來監督私校，為私校教師權益保障、爭取，不遺餘力。舉例而言，對不適任教師之處置，絕對不允許私校僅以片面學校「行政審判」做決定，而必須經過校內系、院、校三級教評會審定，方能將處理方案陳報教育部。而教育部嚴格要求學校於程序間，必須讓當事人有充分表述說明的機會，否則教育部必將以程序不完備，退回學校之處分結論。縱使處分結論獲教育部核可，教師仍有機會提出申覆，甚至打行政官司，尋求翻案。
另一個例子是少子化如造成系所調整停辦時，對於停辦系所教師的安置，要求一定要做到充分輔導並協助教師轉聘至其他系所繼續任教。縱使因專長問題無法轉聘至其他適當系所時，尚要求優先給予轉任職員之機會，或協助教師於校外其他機構就業。這些規範與要求，再再顯示對私校教師權益保障的周延。
然而檢視目前草案內容，諸多對私校前途影響甚鉅的決定，如專輔學校、停辦、重組董事會等事項之確認，皆由主管機關以「行政審定」的方式進行，不僅改變原私校法尊重最終由法院審判之程序，甚至有刪除草案第24條之議，連給予董事會3年時間轉型的機會都予剝奪。這樣的立法精神，與教育部及教師、教育組織團體，對於處理教師去留時，要求必須充分保障其權益、不僅需層層審查、並要求學校應輔導其另謀生路等公平正義之理念，大相逕庭。如此差異性標準的立法恐不易令私校信服。
至於「救濟措施」，一旦私校被行政審定為專輔學校，資訊即被公開，此必然對學校產生負面循環，加重其經營困難。如此形同宣判其死刑，而傷害一旦造成，縱使私校提出行政救濟請求且獲平反，亦不可能恢復其正常經營狀態，仍只能走向關閉一途。屆時衍生更多官司爭議，甚而私校提出國家賠償，結果將不易收拾。因此，處理程序豈能不更為審慎？