指揮中心指出，面對全球性的防疫需求，與其盼望國外能夠供應足夠的疫苗給台灣，我國必須要厚植自製疫苗的能力，以滿足國內的防疫需求，並且兼顧國際防疫合作。因此，在疫情發生初期，產學研界即啟動投入疫苗研發。例如，國衛院利用4種技術平台同步開發，最快在今(2020)年秋季即可進入人體臨床試驗；中研院開發的奈米疫苗，目前也正進行疫苗劑型與劑量的優化。前述兩個研究單位的成果均已與國內廠商洽談並啟動合作。此外，國內廠商所開發的疫苗也預計於今年底前可進入臨床人體試驗。同時，政府也不曾放鬆步調，持續提供相關輔導，已大幅縮短疫苗開發時程。
指揮中心進一步表示，新藥開發方面，國內學研界也積極研發治療新型冠狀病毒的候選藥物，例如國衛院團隊已找到具抑制新冠病毒活性的化合物，從初步實驗結果顯示極具有開發的潛力及價值。中研院團隊篩選出新冠病毒主要蛋白酶抑制劑，此強效的蛋白酶抑制劑，可在體外抑制新冠病毒複製。長庚團隊以及國衛院、預醫所團隊也分別找到單株抗體藥物，其抑制新型冠狀病毒能力高達90%以上。
食藥署因應國內緊急公共衛生情事需求，協助疾管署依照藥事法取得疫情初期所需之檢驗試劑專案進口。同時預估疫情發展，超前部署國內檢驗試劑、藥品及疫苗需求，提供廠商依循類似於美國緊急使用授權(Emergency Use Authorization，EUA)機制，提出檢驗試劑、藥品及疫苗之專案製造及輸入申請，截至目前為止，已核准4件檢驗試劑專案製造及19件檢驗試劑專案輸入。為積極扶植國內產業研發疫情所需檢驗試劑、藥品及疫苗，成立專業輔導團隊，盤點國內研發量能，提供諮詢輔導專線及專人輔導，提供至少22家廠商檢驗試劑專案製造輔導及10家藥品/疫苗查驗登記輔導。此外，預防疫情再襲，食藥署召開專家會議並依決議核准1件藥品之查驗登記申請。
指揮中心表示，繼口罩國家隊後，科技防疫國家隊亦儼然成形，結合產官學研的儲備量能，因應疫情再次發生時，台灣有足夠的自我保護能力，也能持續對全球防疫有所貢獻。